Holmes en Watson gaan op zoek naar een seriemoordenaar nadat een moord een bekende als slachtoffer had. Holmes' neurologische herstel verloopt traag.

Holmes en Watson's zoektocht naar de moordenaar van een vrouw die in cement gevonden werd, neemt ze mee naar de schone technologie-industrie. Watson maakt een grote sprong voorwaarts met betrekking tot haar interesse in adoptie.

De voormalige soberheidssponsor van Holmes, Alfredo, vraagt zijn hulp bij een illegale poging om zijn broer te redden. Holmes en Watson onderzoeken de vergiftiging van een biologieprofessor die aan een geheim geneticaproject werkte voordat hij werd vermoord.

Sherlock en zijn vader proberen hun gespannen relatie te herstellen nadat ze erachter komen dat er een dood in hun familie heeft plaatsgevonden. Holmes en Watson ontdekken een verband tussen hun nieuwste zaak en de wereld van Egyptische antiquiteiten wanneer zij op zoek zijn naar een moordenaar die zijn slachtoffer probeerde te mummificeren.

Een beruchte dief wordt vermoord. Jane en Maura onderzoeken dit en belanden in de wereld van kunstroof en vervalsing. Jane moet omgaan met een FBI-agent die geïnteresseerd is in deze zaak. Angela heeft een nieuwe liefde.

Het misdaadlab verliest één van hun eigen mensen. Het team moet hun persoonlijke gevoelens opzij zetten en proberen uit te vinden waarom hun teamlid stierf en of hun collega illegaal werk verrichtte.

Een getuige van een moord lijdt aan een aandoening die algemeen bekend staat als gezichtsherkenningsblindheid. De familie Rizzoli bereidt zich voor op een bezoek van een sluwe neef.

Jane en Maura moeten een aantal lastige hindernissen overkomen om de moordenaar van een 16-jarig meisje te vinden.

Wanneer de juwelier van Boston's "rijken en beroemden" sterft, leidt het onderzoek naar een lid van de familie Isles ... wat leidt tot een geheim dat Maura al bijna haar hele leven bewaart.

Een inbreekster wordt in het huis van een marinier vermoord. Haar moordenaar heeft ook in het huis ingebroken en daarna zijn aanval gefilmd. Hij wil deze films publiceren. Het team ontdekt dat hij in opdracht van terroristen handelt.

De moord op een onderofficier leidt tot een doorbraak in een oude zaak van 40 jaar geleden, waar Gibbs en DiNozzo al twee jaar aan werken. McGee is jaloers, omdat hij niet eerder was ingelicht over de cold case.

DiNozzo werkt samen met zijn vriendin, ATF Agent Zoe Keats, bij een onderzoek. DiNozzo sr. komt naar de stad om de vriendin van zijn zoon te ontmoeten.

Het team vindt een verband tussen een moord in Washington D.C. en een terreurgroep die overzee een marinier gegijzeld houdt. DiNozzo is geïrriteerd omdat McGee is gekozen als het gezicht van NCIS voor de nieuwe wervingsbrochures.

Wanneer een adelborst van de marine is vermoord, helpt Ned Dorneget met het onderzoek. Ondertussen ontdekt het team dat Jake en Gibbs goede vrienden zijn geworden.

Het onderzoek naar de Irakese terroristengroep 'The Calling', die jonge kinderen ronselt via het internet, wordt internationaal nu de organisatie bommen koopt op de zwarte markt.

Na een dodelijke bomaanslag voert het team de jacht op een wereldwijde terroristengroep op en krijgt te maken met een emotioneel en verrassend verlies.

Gibbs vecht voor zijn leven op een ziekenhuisschip van de marine nadat hij is neergeschoten door Luke Harris. Ondertussen reizen Tony DiNozzo en CIA-officier Joanna Teague naar Egypte.

Gibbs vraagt het team om DEA-agent Luis Mitchell bij te staan in een zaak die maar niet opgelost wordt. DiNozzo ontdekt dat Gibbs een persoonlijke link heeft met Mitchell en dat geeft een nieuwe kijk op Gibbs.

Nadat een marinier Gibbs heeft gebeld over een mogelijke zaak, wordt hij vermoord aangetroffen in Quantico en gaan Bishop en McGee undercover als getrouwd stel om een marinier en zijn vrouw te beschermen.

Prentiss plant een date met Mendoza, maar de avond wordt al gauw onderbroken. Prentiss moet haar verleden confronteren wanneer het team een reeks moorden onderzoekt waarbij het hart van het slachtoffer verwijderd werd.

Het BAU team vertrekt naar Portland, Oregon, en onderzoekt een huiveringwekkende ontvoering, die mogelijk verband houdt met een plaatselijk stel, dat een week eerder in hun huis werd gedood.

Prentiss en het team vliegen naar Iowa om de verdwijning van drie 10-jarige kinderen te onderzoeken. Ze werden elk ontvoerd uit hun huis en de camerabeelden van het nabijgelegen park zijn de enige aanwijzingen over de verblijfplaats van de kinderen.

Rossi plaatst vraagtekens bij zijn acties in de nasleep van een bijna-doodstrijd met een seriemoordenaar die de BAU te slim af is geweest.